根據三讀修正通過條文，102年到103年證所稅採雙軌制，「設算所得」制為當台股指數達8500點以上時，按股票賣出金額扣繳千分之0.2；台股9500點以上時，按股票賣出金額扣繳千分之0.4；台股1萬500點以上，按股票賣出金額扣繳千分之0.6。
「核實課徵」制對象為出售10張以上102年以後掛牌的初次上市、上櫃（IPO）股票；出售未上市、櫃股票；賣出100張以上的興櫃股票；非在中華民國境內居住的個人，採分離課稅，稅率15%，長期持股滿1年以上減半（稅率7.5%）課徵，IPO部分持有超過3年再減半（稅率3.75%）。
核實課徵部份，採當年度盈虧互抵，當年證券交易損失，可從當年度證券交易所得中減除；另外，股票成本認定採「先進先出」法，如果投資人同一檔股票數量很多，依最先買進與賣出的時間計算成本。
三讀修正通過條文規定，民眾要在101年12月15日以前向證券戶所屬證券商申請，選定102年適用設算所得或核實課徵，個人同一年度選定後不得再變更；102年1月1日首次開立證券戶者，應於申請時選定。
104年後全面取消「設算所得」制，回歸「核實課徵」單軌制，課徵對象再增加全年出售證券金額超過10億元以上的個人。
法人部分採最低稅負制，稅率12%到15%，免稅金額為50萬元，長期持有3年以上享減半優惠。
臨時會約下午3時處理相關修法時，在野黨團提案要求重付審查，但遭否決，民主進步黨立法院黨團、台灣團結聯盟黨團退席抗議。