對財政部新聞稿指出，該公司所得稅額會增加，主因包含獎勵投資減免、促產條例等租稅優惠逐漸到期，稅基擴大後，計算所得額增加，致使需要繳納的稅額也提高，稅率調高不是主因。
台積電回應表示，公司在明年所產生且必須繳納的營所稅，幾乎沒有最低稅負的信賴保護，顯示證所稅方案所增加的30億元稅款，純粹是「稅率調高」所致。
信賴保護指的是台積電對政府承諾在台有多少的投資金額，政府就要給予相對的租稅優惠。公司過去確實享受政府所提供的信賴保護優惠，使得台積電的有效稅率低於10%最低稅負。但台積電隨著信賴保護期間屆滿，明年起幾乎沒有最低稅負的信賴保護。而當證所稅夾帶最低稅負調整上路後，以台積電股價本益比約15倍計算，所有股東的股東財富將減少了450億元。