教育部表示，台南大學附屬啟聰學校性侵或性騷擾事件爆發後，教育部積極介入處理，除了針對中部辦公室及學校相關人員責任進行行政懲處，另一方面也協助受害者相關國賠事宜。教育部主任秘書王作臺：『(原音)受害者以他的權益申請國賠 我門希望那個學校以同理心方式積極回應 基本上 希望達成協議 不要走上(國賠)訴訟的途徑，基本上是這樣的態度。』
為避免類似的事件再發生，王作臺表示，教育部已經組成「專業輔導諮詢小組」、「專責行政督導小組」，改善校園安全死角、落實各級學校校安通報，並將性別平等教育納入特殊教育評鑑指標；去年9月起更由教育部長親自主持每週專案會議，就各級學校通報疑似性侵或性騷擾案提報處理情形，全面列管、積極改善處理，希望杜絕悲劇再次發生。