南市水利局長李孟諺表示，鹿耳門排水系統集水面積約四十二．二平方公里，排水幹線出口排入台灣海峽，長度約五．九公里，支流有溪南寮排水、學甲寮排水、土城仔排水、土城子小排一之二、竹筏港之一排水及竹筏港之二排水等六條。
然鹿耳門排水大部分排水路通水斷面不足、護岸老舊、堤岸保護高程不足，且中、下游段地區地勢較低窪且位於感潮段，每當發生豪雨並逢漲潮時，因內水不易排除，常造成窪地農田及村落發生積水、淹水事件。
李孟諺指出，針對該區全河段流域整治約需十七億元，經費龐大，因此逐年爭取納入易淹水地區水患治理計畫籌措經費，去年辦理鹿耳門排水一期工程，有效改善竹筏港之二排水與鹿耳門排水幹線銜接瓶頸段，改善長度約八百公尺。
今年持續爭取經費一億元辦理鹿耳門排水二期工程，工程改善長度約一．五公里，位於土城仔排水至竹筏港之一排水中間河段，原有河段大多為老舊土質邊坡、漿砌卵石護岸破損且堤高不夠，排水斷面亦有不足現象，已在五月間完工。
後續將辦理「安南區鹿耳門排水左岸應急工程」，新建南岸堤防工程，工程長度約六百六十公尺，位於剛完工鹿耳門排水二期工程對岸，現況為老舊土質邊坡、漿砌卵石護岸破損，且堤高不夠，八八水災時已有溢堤紀錄，預計八月間動工施作，將有效降低地方淹水情事。