國民黨表示， 2006年3月選舉青年團總團長兼國民黨副主席，採公開選舉方式進行，當時參選人包括林益世與周守訓，最後由林益世勝選，馬總統從頭到尾都保持中立。至於林益世擔任中央政策會執行長，是在2008年1月，由當時的國民黨主席吳伯雄提名，當時馬總統忙於總統大選的最後衝刺，對於這項人事案僅被「告知」，沒有介入。
至於今年2月，林益世出任行政院秘書長，確實是行政院長陳冲與馬總統共同討論決定。馬總統已經公開表示，他身為黨主席，責任最大。國民黨表示，外界扭曲為「馬總統將秘書長強塞給陳院長」這樣的說法，與事實相差太遠。