針對昨（4）日聯合報【黑白集】刊登一文，蔡英文辦公室今（5）日發出新聞稿批評，聯合報身為媒體公器，不論立場是否有所偏好，時論評斷理應根本於具體事實。但【黑白集】竟將林益世案與宇昌案混為一談，以含糊不明之論斷，進行點名指涉，混淆是非黑白，完全悖離輿論應有的基本道德，她深感遺憾，也絕對無法接受。
蔡英文表示，對於宇昌案，她一貫坦蕩以對，也期盼相關單位的調查能夠早日釐清事實、還原真相。對於上次總統大選期間對手陣營為求勝選的政治操作，事過境遷，多數民眾都有更清楚的認識。只希望選舉落幕之後，社會能夠回歸理性清明，讓政治的歸政治，莫再因為一次選舉而傷害台灣生技及其他產業的發展。
蔡英文也提到林益世索賄案說，政壇爆發重大貪瀆事件，對於台灣的國家形象及人民對政治的基本信賴都是巨大的斲傷，有識者無論政治立場都深感沉痛，不分藍綠也都應引以為鑑、哀矜勿喜。
蔡英文指出，近日以來，國人企盼司法檢調能夠儘速查明事實、繩之以法，更希望馬政府能夠坦誠面對、杜絕弊端，挽救民眾自從馬總統連任以來對於政府已經瀕臨崩毀的信心。這也是她個人對於此一事件的基本態度。
她強調的是，因為林益世案受傷最大的，不是馬政府，不是國民黨，而是台灣社會對民主政治的基本信賴。不論執政或在野，包括輿論媒體，都應該嚴肅思考如何讓台灣脫離當前因執政失能所造成的國家困境，讓民眾恢復對未來的信心。如果只是以政治思考，企圖牽拖轉移、掩過飾非，那只會讓台灣更加沈淪。