監測井設置目的除量測地下水位外，亦能監測地下水水質狀況，以確保地下水的使用無虞；南投縣政府環保局歷年於縣內共設置41口監測井，其中多數的監測井皆分布於南投縣西半部，主要因人口及工商活動多數集中於此所致，以防止工業污染及保障人民用水安全。
南投縣的地下水流向是由東側山區往西側移動，為了加強地下水監測網絡，除以最西側草屯、南投市、名間、竹山四鄉鎮作為第一道屏障外，更依流向往源頭建立第二(中寮、集集、鹿谷)、第三(國姓、水里)、第四(埔里、魚池)道屏障，已達完整監控之目的；由於魚池鄉目前並無設置監測井，有鑑於此，本局於101年在魚池鄉頭社村頭社國小內新設1口監測井，並設置為隱藏式，以顧及學童之安危，此監測井是繼100年在名間、鹿谷新設2口後，為完整監測網絡之四道屏障而設置。
在地下水水質監測方面，本局委託雲林科技大學於今年3月份枯水期時進行採樣監測，其結果顯示出在測站-中寮鄉爽文國小之氨氮濃度超過地下水污染監測標準第二類標準值，推測可能受到農業化肥及生活污水之影響，另外在測站-名間鄉新街國小之2口監測井皆發現硝酸鹽氮有超過地下水監測標準之第二類標準值，其可能與名間鄉地質特性及農業行為有關；重金屬方面，本縣監測井因地質特性，有部份地下水質在鐵(中寮鄉爽文國小)及錳(埔里鄉向善里、中寮鄉中寮國小、集集鎮和平國小、鹿谷鄉瑞田活動中心)兩金屬濃度超過地下水監測標準，而在其餘6項人為污染物金屬濃度(鎘、鉻、銅、鋅、鎳、鉛)皆未超過標準；綜合上述監測結果，雖有部份地區地下水超過監測標準值，但仍在管制標準以內，未來本局仍將持續加強監控，若有超過地下水管制標準情形，將予以公告限制地下水使用並追查污染來源，以保障地下水使用安全。