中央研究院院士林毓生返台參加院士會議期間，走訪各大專院校，發現學校動用大筆經費、召開100多場準備會議、印製的文件堆積如山、教授疲於奔命等怪象。他在院士會議上發起連署，已有多名院士響應。
林毓生認為，大學評鑑已干擾學術自由，教授苦於應付評鑑，易影響原有的教學、研究工作。他認為評鑑不該做得太頻繁，也不該成為淘汰辦學不佳大學系所的工具。
林毓生點出大學評鑑的核心問題，教育部長蔣偉寧今天接受中央社記者訪問也指出，大學評鑑的目的，是幫助學校改善教研品質，而非淘汰系所，目前評鑑與退場機制掛勾的方式，的確有檢討的空間。
世界主要國家大多設有定期的大學評鑑，但不見得與退場機制相結合。台灣現在的社會氛圍，認為大學過多、大學生滿街跑，一直存在著淘汰辦學不佳學校的聲浪，因此產生評鑑、退場掛勾的模式，但也讓評鑑變成各校「生死攸關」的問題，不得不大張旗鼓、全力以赴，形成院士們口中的扭曲現象。
過去有學校系所各自為政，教授各管各的，沒有統一規劃的課程，老師用「萬年教材」上課，學生用「萬年筆記」應付。大學評鑑讓學校、系所有了「令箭」，得以推動教師共同向前，維持教研品質穩定，還是有它的功能，絕非一無是處。
蔣偉寧表示，未來朝向由各校「自評」，研究型、教學型、科技大學等不同類型的學校，也可依各自的發展特色打造專屬的指標，這項政策應能改善過去偏重單一指標的亂象。
教育界人士認為，更該檢討的是大學退場是否仍應與評鑑掛勾。事實上，隨著少子化、學生來源的減少，「市場機制」就能自然而然地讓招生不佳的大學退場、轉型，根本不需以政策強制介入，教育部也不用夾在社會氛圍和學術自由之間，弄得裡外不是人。