林益世前晚與政論節目連線一再喊冤，強調絕未索賄、收賄，並未否認講過週刊報導的上述相關話語，僅強調是被問及行政院秘書長與政務委員職權有何不同時的聊天內容，但週刊報導卻斷章取義。
對於「國庫只有二顆印章」，熟悉政院運作人士指出，國庫章指的應是動支會計帳現金的核准章，通常這只是依報帳行政流程須蓋的章戳，如果是一般事務性的支出，通常在副秘書長層級就代為決行，不會送到秘書長。
政院人士表示，若是金額數億元以上或動輒數十億元的地方補助款這類政策性的支出，或專案補助等特殊案件，才會送到秘書長層級，但這些錢要不要給，在支出前政策也早就定案，蓋章只是單純報帳的流程，與秘書長的實權無關。
國營事業子公司人事 秘書長「批不到」
對於批准中聯董事長人事，這位人士更表示「大惑不解」，因為一般人事職權核批主要在行政院人事行政總處，只有各單位處長級以上或國營事業總經理級以上，才會送到行政院秘書長辦公室；而中聯是中鋼的子公司，類似國營事業子公司、孫公司的人事案，頂多只會送到經濟部國營會，不會送到行政院，行政院秘書長應該「批不到」。