台北會談主辦單位透露，包括大陸海峽兩岸關係協會（海協會）副會長王在希、海協會聯絡部主任于京等9位具備大陸官方身分的受邀人士被拒絕來台參加台北會談，但大陸社會科學院台灣研究所所長余克禮等大陸學者，將可參加研討會。
王在希、于京等海協會人士過去都曾來台參訪或參加活動，這次被拒入境台灣，對海協會來說相當罕見。
對於只有「純學者」才能參加台北會談的決議，未來是否成為討論大陸人士入境台灣出席學術研討會案的慣例，陸委會不願回答，僅表示出入境事務權責單位在內政部移民署出入境管理局，要由他們說明，「陸委會只是提供意見與建議」。
另外，陸委會召開的境管聯審會也要求台北會談主辦單位把主題「強化認同互信、深化和平發展」中的「認同」和「互信」字眼改掉。
陸委會昨天召開境管聯審會議後，已把決議送交出入境管理局；由於陸委會是兩岸事務主管機關，出入境管理局官員表示，將遵照陸委會建議辦理。
兩岸統合學會認為，陸委會的決議「很不合理」，並強調台北會談這次廣邀兩岸學者、台灣藍、綠學者，尤其是民進黨最近要「強化對中國的了解」，包括民進黨執政時代的前陸委會主委吳釗燮、前民進黨立委郭正亮等人都準備出席，甚至發表論文。
兩岸統合學會認為，原本讓藍、綠及大陸的學者三方進行交流、溝通意見、縮短歧見的機會，因為陸委會的決議受到阻礙，正考慮是否停辦這場台北會談。
由兩岸統合學會舉辦的台北會談，主題為「強化認同互信、深化和平發展」，在考量陸委會意見後已經延後兩週，原訂29、30日在台灣大學社會科學院舉行，共邀兩岸三地學者150到180人與會，其中大陸方面原訂有50多人與會。