海關博物館設於臺北市塔城街13號海關大樓1、2樓內，分成5個展示區，通關作業、查緝走私、海務燈塔（1樓）、國際關務及海關文物（2樓）等。1樓入口處有1佛塔高13層（約3公尺），由深海魚骨製成，上有各式人物雕刻300餘個，堪稱鎮館之寶；另館藏物件中「臺灣關地界」界碑乃1858年中英天津條約開放臺灣、淡水為通商口岸，臺灣設關後所設立的界碑，其涵義深遠，為該館重要展示物之一。
海關博物館平日於上班時間接受各級團體或社會人士15人以上組團免費預約參觀。稅務節期間特別開放民眾自由來訪，洽詢電話：（02）25505500分機2212。