一位法官指出，過去首長特別費、國民旅遊卡也曾爆發大規模貪污爭議，但由於特殊的「歷史共業」背景，特別費案經過修法後，眾多官員才獲解套；二○○四年爆發的國民旅遊卡弊案也延燒全台，數千人涉案，最後則以緩刑或緩起訴處分結案。
律師鄭伊鈞認為是歷史共業，國科會的研究不是一種職務，接案學者大多不是會計出納專職，只是偶然經手請款，他曾聽過「實驗須防粉塵，買空氣清淨機卻不能報帳」的案例，學者、助理為圖方便只好照「內行」的廠商指示，以迂迴法報帳，實在是「制度使人犯罪」。
律師陳敬暐則持反對意見，表示「貪污就是貪污！」法制國家就要依規定，執法也要一視同仁，哪有涉案人數少就依法辦理，犯案人數太多就能就地合法的道理？「不能因滿街騎士都不戴安全帽，就不開罰單」。
陳敬暐說，執法者仍應將學界涉貪案件送交司法審理，從每個個案做探討，有些是為了報帳方便，目的仍是為了研究，就可從輕處理，有些學者真的是把公款當自己的口袋錢，家電家具全靠它，就該重判，不可一視同仁統統劃歸歷史共業。
民進黨立委管碧玲也說，如果是人謀不臧，當然於法不容，不過也有「制度殺人」問題，曾有醫生跟她陳情，制度上不能購買儀器，只能購買耗材，不得不「做假」，所購儀器是放在實驗室供研究之用。究竟是偽造文書或更嚴重的貪瀆，教育部和國科會要提供專業見解給法務部參考，全面檢討如何防止類似事件一再發生。