基北區超額比序項目中，多元學習表現的「獎懲紀錄」，「懲」規畫若國中三年「無懲處紀錄」上限得六分、「銷過後無懲處紀錄」四分、「銷過後無小過（含）以上紀錄」二分，「銷過後仍有小過以上紀錄」○分。
家長普遍質疑，國中生那麼小，不能犯錯嗎？各國中懲處標準是否一致？馮清皇表示，北北基三市正設法對「獎懲紀錄」中「懲」凝聚共識；未來若沒共識，也牽涉動機等問題，會移除「懲」方面的算分。
他並說，目前正委託心測中心對基北區九十七、九十八、九十九、一○一年的考生基測得分情形，模擬未來精熟、基礎、待加強的會考「三等第」轉換。期望未來抽籤比例能壓到五％以下。