財政部賦稅署副署長吳英世表示，因災損辦理車輛報停、報廢，原規定在災害發生日起1個月內申請。考量612災情嚴重，可能在短時間內無暇辦車輛報停、報廢，賦稅署通函全台地方稅稽徵機關，展延申請期限至今年12月31日。
賦稅署官員表示，一般車輛退稅是從辦理報廢、報停當天起算。這次水災放寬申請期限，受災民眾即使沒有立即辦手續，只要在今年底前檢附災損證明文件，經公路監理機關認定，可追溯退還6月12日以後的使用牌照稅。
官員表示，災損車輛在進廠修護期間，車主可持修理廠開具的證明文件申請車輛停駛，停駛到復駛期間的使用牌照稅可按日減免。以汽缸排氣量1800立方公分(c.c.) 以下的自用小客車為例，停駛1天可退稅新台幣19.5元。
另外，財政部北區國稅局已成立災害減免勘查服務小組，主動輔導受災民眾辦理所得稅、營業稅、貨物稅和菸酒稅災害損失申報。