航港局表示，目前金門的小三通航線共有水頭港到廈門東渡港、水頭港到廈門五通港及水頭到泉州石井港共3條航線，每日定期船班分別有24班、12班及6班，雖然因兩岸直航航班增加而成長趨緩，但去年全年仍有147萬人次小三通旅運量。
不過，目前各航線船班從上午8時起對開，下午5時就開出末班船班，金門縣政府多次要求增開夜航船班，經兩岸多次協調並增加夜航設備，終於敲定6月17日晚間7時啟動金門水頭港到廈門東渡港夜航對開試辦船班。
航港局說，未來水頭港到東渡港夜航若經驗證安全無虞，目標是將夜航船班推展到夜間9時啟航，金門縣政府也已擬定小三通夜航行銷計畫；待廈門五通港夜航設備裝設完畢，金門水頭港到廈門五通港夜航航線也能啟動。
為配合小三通夜航啟動，民航局說，未來若夜航旅次增量穩定，也會協調各民航公司將金門飛台灣末班機時間，由現行晚間7時30分配合延後。