前面提到傳統的內視鏡，在有經驗的胃腸科專科醫師的操作下，可以很清楚的看到我們所要看的地方（包括食道、胃、十二指腸前半及大腸），可以對疾病作正確的診斷甚至治療。因此，在傳統的內視鏡檢查均已經做過之後，仍然找不出病因時，我們的檢查重心就放在小腸了，便有需要使用膠囊內視鏡做進一步的檢查。
當胃鏡及大腸鏡均無法找出病因時，就可以考慮接受膠囊內視鏡的檢查。
因為膠囊內視鏡自嘴巴吞進胃的時間只有2秒鐘，無法很清晰的檢查食道。而膠囊內視鏡在胃部裡面隨著胃的蠕動而到處滾動，有些地方它根本沒照到，而有些地方卻一直重複照了很久，因此不敢保證胃的每個部位均有照到。平均要花30分鐘之後，它才離開胃到小腸。
而小腸的內徑很小，膠囊內視鏡可以將整個小腸的管腔照到。隨著小腸蠕動膠囊內視鏡可以將大部分的小腸照到，除非它被卡住在某個地方，或者它已經沒電了。
發現病灶
一般來說，膠囊內視鏡可以發現的病灶有血管異常增生、小腸腫瘤、小腸憩室、寄生蟲、以及小腸粘膜病變等。這些病變會造成小腸出血導致慢性貧血，以及腹部疼痛不舒服等症狀。
因此，如果有不明原因的慢性貧血，以及腹部疼痛的時候，如果胃鏡及大腸鏡均無法找出致病原因時，就可以考慮接受膠囊內視鏡的檢查。因為膠囊內視鏡靠腸子蠕動而移動，因此如果腸子不會蠕動時，或者腸子有阻塞時，膠囊內視鏡將會被卡在腸子的某個地方，無法完成檢查。
因此這類病人就不適合接受膠囊內視鏡檢查。另外，因為膠囊內視鏡使用無線電波傳送影像資料到腹部外面，雖然到目前為止，膠囊內視鏡還沒有發現對人體或胎兒有任何的影響，但是裝有心臟節律器的病人、以及懷有身孕的婦女，我們也不建議使用。
膠囊內視鏡每顆只能使用一次，如同一台DV攝影機使用一次就丟掉一樣。因此每次膠囊內視鏡檢查所費不貲，也因此目前健保不給付，必須自費接受檢查。