對於農民強烈反彈，中科管理局長楊文科則無奈地說，「我們用的是農業用水的節餘水，沒有搶水問題！」
楊文科指出，癥結在於，水利署目前每天僅能調度四千八百噸自來水給二林園區；若有不足，就得仰賴農業用水支援，這段過渡期的水源調度，出現爭議。
他強調，莿子埤圳目前為「供四停六」，停止供水的六天，將改由八堡一圳和八堡二圳輪流供水，農業灌溉並未中斷，相同地方每天都有水流進去。「我們是把三個水圳在各自停止供水期間節餘下來的水，提供給二林園區廠商使用。」
經濟部水利署主任祕書田巧玲田巧玲強調，中科四期用水量大減至每日用水二萬噸，因此，水利署已建議國科會「完全不用調度農業用水」。