陳水扁被控在民國97年3月總統大選後，指示幕僚將執政期間國安會、國安局等單位提供的重要文件，全數打包運往卸任總統辦公室，共計侵占、隱匿公文達1萬7375件。
最高檢察署特偵組偵辦後，上午偵結，依侵占公物、隱匿公務員職務上掌管文書及違反國家機密保護法等罪嫌，將陳水扁起訴，考量資料未外洩，建請法院量處適當刑度。
由於昨天是520總統就職日，有媒體詢問，近日有不少遊行抗議活動，且520前夕總統馬英九民調滑落，在此時起訴陳水扁是否啟人疑竇。
對此，特偵組發言人陳宏達表示，檢方結案無時間上的考慮，只要全案事證齊備，就會依法偵結，未做政治等其他考量。
陳宏達說，由於全案所涉公文達上萬筆、數量龐大，每個文件都須逐筆審認機密性質，包括向相關單位及全部外館調取相關核定函稿，確認陳水扁所掌握的公文，屬機密文件，承辦檢察官花了許多時間蒐證，因此在全案調查成熟、事證完備情況下，依法偵結。
檢方指出，全案起訴書共計3大冊、1221頁，共計120多萬字，但由於事涉國家機密，無法公開起訴書全文，將來法院也會以不公開方式審理。