綜所稅還有5項「特別扣除額」，包括薪資所得、財產交易損失、儲蓄投資、身心障礙及教育學費扣除額，且夫妻薪資所得可「分開計稅、合併申報」，納稅人可先試算，再選擇最有利的稅額計算方式。
目前薪資所得特別扣除額仍是10.4萬元，本人、配偶或受扶養親屬若有薪資所得，每人可先扣除10.4萬元，但薪資所得未達10.4萬元，只能就其所得總額全數扣除。若是雙薪家庭，則有3種計稅方式可選擇，包括「本人及配偶所得合併計稅」、「本人薪資所得分開計稅」或「配偶薪資所得分開計稅」，一般而言，薪資較高者分開計稅比較划算，納稅人可分別試算。
另外，身心障礙特別扣除額也是每人10.4萬元，本人、配偶或受扶養親屬領有身心障礙手冊（須檢附手冊影本），或是精神衛生法規定的病人（須檢附專科醫生的嚴重病人診斷證明書影本，不能以重大傷病卡代替），可申報身心障礙特別扣除額。
至於教育學費特別扣除額，僅限「子女」適用，本人、配偶、受扶養兄弟姊妹或其他親屬的教育學費，都不能申報扣除。教育學費扣除額每人最多2.5萬元，且子女就讀大專以上院校才可申報扣除。
若有子女前往國外或中國就讀大專以上院校，只要就讀教育部認可的學校，教育學費也可申報抵稅；財政部今年大幅放寬就讀中國學校申報抵稅的規定，適用的中國學校由原本41所增至2000多所。
另外，儲蓄投資特別扣除額每戶每年可申報27萬元，包括本人、配偶及受扶養親屬的存款利息（包括外幣存款利息）、儲蓄性質信託資金收益及緩課股票轉讓所得等，也就是憑單代號為「5A」及「71M」者。不過，納稅人若同時申報購屋借款利息及儲蓄投資特別扣除額，購屋借款利息應先減除儲蓄投資特別扣除額，再以餘額申報。
至於財產交易損失扣除額，必須當年度有財產交易所得才可扣除，且申報損失金額也不能超過財產交易所得金額；當年度若無財產交易所得，可於以後3年度扣除。
納稅人去年若有出售房屋的紀錄，就算沒有賺錢，也要記得申報，如果未申報或申報時未提示證明文件，即使賣屋出現損失，國稅局仍會以財政部公布的標準核定財產交易所得，否則，屆時不僅無法抵稅，還要被多課稅。