從2000年第一個成功的膠囊內視鏡（capsule endoscopy）病例被報導以來，診斷小腸疾病不再是夢想；它是一個長2.6公分直徑1.1公分的微型照相機，當病人吞入膠囊內視鏡後，它每秒會擷取2張照片，期間約紀錄了5萬多張照片，這些照片再經由專門的機器及醫師判讀及診斷。可惜我們可以診斷出小腸病灶卻無法切片確診或治療，令人相當的沮喪。
小腸鏡的進化
雙氣囊小腸鏡（double-balloon enteroscopy）是由日本的Yamamoto教授在2001發明的，讓我們對小腸疾病不只可以診斷，同時也直接以小腸鏡治療；一般而言從口腔到十二指腸第二部分最短的距離約60公分，由此以下的病灶我們無法診斷，並不是把內視鏡長度加長就一定能更深入小腸，因為小腸不只長而且彎曲，彎彎曲曲的小腸會造成內視鏡繞圈圈（looping），雙氣囊小腸鏡在200公分的內視鏡前端加上一個氣囊，另外再外加一個有氣囊的外套管，藉由兩個氣囊的收放及內視鏡與外套管在小腸內推及外拉，如此小腸便像捲袖子一樣不斷的被摺疊，如此便可深入小腸深處，經由口端及肛門端兩個進入方式配合，便可能完成全小腸的檢查。
雙氣囊小腸鏡雖然解決了很多小腸的問題，但是操作不易及相當耗費時間，使用上實在不方便，於是新一代更簡單操作的單氣囊小腸鏡便應運而生，它省略了雙氣囊小腸鏡前端的一個氣囊，只有外套管有氣囊，當我們把小腸鏡往前進後彎曲勾住腸壁，將消氣的氣囊推到內視鏡盡頭然後將氣囊充氣，接著將氣囊連同小腸鏡一起往外拉，如此小腸就會被往後拉摺疊起來，如同袖子捲起來一般，然後再重複之前的步驟，如此便可深入小腸內部，操作相對簡單且時間較快。
目前單氣囊小腸鏡與雙氣囊小腸鏡合併稱為氣囊輔助性小腸鏡（balloon-assisted enteroscopy），兩者各有優缺點，但都是診斷與治療小腸鏡的好工具。