不過，晚間總統發言人范姜泰基就表示，馬英九在下午已批准行政院總辭案，同時也再度特任陳冲為行政院長。儘管強調這次高層會面未觸及人事，但在「安定」的原則下，內閣只會做微幅調整，主要是部分教職借調期滿必須離開者，目前確定政務委員張進福、經建會副主委單驥將返回學界。至於發言人楊永明可望重返國安會，接任人選鎖定台師大大傳系教授胡幼偉。
此外，總統府正、副秘書亦依慣例請辭，馬英九昨天慰留秘書長曾永權、副秘書長羅智強，特任副秘書長劉寶貴則勉予准辭。府方消息人士透露，由現任國民黨高雄市黨部主委熊光華接任副秘書長一職。
總統府表示，馬英九對劉寶貴的工作表現相當讚許，但劉寶貴為照顧家庭，辭意甚堅。據了解，劉寶貴的母親年事已高，在選前便表達辭意，表示希望在馬英九勝選後辭職；馬英九在選後與她多次懇談，最終仍不得不准其辭職。
接任的熊光華曾任總統府總統辦公室秘書，選前馬團隊借重其組織與經營能力，由國民黨中央派往高雄市坐鎮艱困選區，五二○正式接任總統府副秘書長後，將負責未來馬英九基層行程的規劃與執行。據指出，陳冲昨天上午八時就進入總統府與馬英九會面，一直到九時四十五分才離開。
據透露，近兩個小時的會議中，陳冲向馬英九報告證所稅方案再次交付立法院程序委員會審查，及財政部長劉憶如當天再度請假一事；兩人並討論證所稅後續與國會溝通事宜。
此外，兩人雖未深入討論個別部會人事安排，但馬英九在晤談中告知，將會儘快簽署任命陳冲擔任行政院長的人事案，之後陳冲也將在下周提出新內閣名單，由馬英九在五月十九日前批示。