此事震驚府院黨高層，國民黨主席馬英九傍晚在國民黨中山會報中下令，要求立院黨團在本周五院會必須讓相關修法案付委審查，並指示行政部門檢討溝通不力之責。
證所稅案衝擊股市，民間、企業都現強烈反彈聲浪。政院版證所稅案上周才送達立院，昨天中午立院程序委員會第一次處理議程，國民黨團就由吳育昇為代表，提議將政院版與其他立委版證所稅案一併暫緩列案，不讓相關草案在本周五院會付委審查，並獲得所有在場國民黨委員支持。
吳育昇在提案說明時表示，這是國民黨團第一次把行政院的提案暫緩列案，但是考量本會期僅剩一個月時間，若倉卒在本會期通過證所稅案，最快也要下會期十一月才能繼續處理，空窗期太久，恐怕引發民眾不安、股市動盪，造成更大爭議。且證所稅事關重大，應等民進黨提出黨版後，讓朝野充分討論；此外，證所稅並非行政院在本會期提出的優先法案，沒有必要急於一時。
國民黨政策會執行長林鴻池也表示，證所稅事涉複雜，即便本會期付委，也無法完成審查，為避免股市波動、民心不安，才提出暫緩建議。
面對執政黨團大動作在程委會中阻擋自己人的提案，在野黨立委一片譁然。親民黨團總召李桐豪批評，親民黨有提案權利，怎能因國民黨單方設想，就擱置親民黨提案，且國民黨團理由本末倒置，恐是受利益團體施壓。
民進黨立委趙天麟則質疑，國民黨團的作為代表行政院在錯誤時間提案，引發民眾不安；他要求政府應向人民說明、道歉，而非在程委會上卡案。
由於國民黨在程委會有人數優勢，擔任程委會輪值召委的民進黨立委段宜康不願讓此案交付表決，決定將全案送交周五院會處理。
吳育昇表示，會提出暫緩建議，是期待國民黨不要在證所稅議題上不斷挨打，並且此替黨團立威、建立自主性，給予行政部門警惕，「那種行政院送案，立院就照單全收、背書的時代已經完全過去了！」
吳育昇坦言，他早在上周二就已提出此建議，昨天程序委員會前也取得十一名程委一致同意。國民黨內部透露，黨團幹部早在前一天就透過管道告知府院高層，相關官員並沒有表達任何反對意見。但林鴻池一再強調是臨時起意，府院事先毫不知情。
不過，在傳出國民黨團封殺政院版後，馬英九在昨日下午隨即要求黨團將相關修法草案在周五的院會付委。林鴻池傍晚也跟著改口。