對此，蔡同榮表示，司法判決不公，「就算判勞役一天，我都無法接受！」他強調，將研議提起再審或非常上訴。
高院法官在判決中指出，立法委員在議場外的言論自由，應該要跟一般人民受到相同節制，不能毫無節制地任意侵犯其他基本權。蔡同榮身為重要的民意代表，言行動見觀瞻，本應謹言慎行，以維議會專業、理性而為人民信賴的形象，卻未經合理查證，輕率發表毀損蘇起名譽的言論，引發議論，著實不該。
蔡同榮是在九十八年十月還是立委時，從國防部前部長蔡明憲處得知有「行政院大陸礁層調查小組」參訪大陸的行程，先跟《自由時報》記者說蘇起透過助理指示內政部海洋探測研究團隊，把台灣周邊海域水文資料交給對口中國國務院，交換水下情資，被自由隔日以頭版報導，又在立法院開記者會說蘇是透過助理毛惠民少將，下令海測團隊與中國接觸。
一審蔡同榮被判刑六月，得易科罰金，並以在《自由時報》頭版刊登道歉啟事，作為緩刑兩年的條件；民事判賠卅萬元。蔡不服上訴，高院刑事部分審結宣判，改判蔡三月徒刑、得易科，緩刑兩年確定；蘇起則無罪。
蔡同榮說，國安會不願提供相關資料給法院，「國安會要告我，卻又不拿最關鍵的文件，這公平嗎？」他強調，即使是判決牢役一天，他都無法接受。
至於判決定讞是否會影響他的黨主席選情？蔡同榮指出，誹謗罪沒有違背黨內的廉政條款，因此不影響參選資格，也不會影響他未來若當選黨主席後的職權行使。