環保局指出，為瞭解縣內河川水質變化，作為污染源管制及削減參考，委託弘光科技大學辦理縣內河川水質監測，每月採集二十一個水質監測站水樣化驗分析，監測河川包含眉溪、北港溪、平林溪、貓羅溪、烏溪、南港溪、濁水溪、陳有蘭溪、水里溪、清水溪及東埔蚋溪等。
環保局表示，由於台灣河川短且湍急，加上每條河川流域、污染物比例及人為和自然污染物比例不同，河川污染指數，係由生化需氧量、溶氧、懸浮固體、氨氮等四項參數組成，用以根據其數值來對污染程度加以分類。
環保局統計，去年全縣河川污染平均指數為二點六三，最低為一點三九、最高為四點八三。一月污染指數以貓羅溪南投市軍功橋的六點二五最高，其次為烏溪炎峰橋、濁水溪龍神橋、陳有蘭溪中莊仔橋的五點七五，平均污染指數為四點二四；二月以濁水溪和社橋三點七五最高，其他污染指數則落在一至二點七五間，平均污染指數為二點三七。
環保局解釋，一、二月多為河川枯水期，若監測點附近有工地施工或是辦活動，便容易製造污染，而貓羅溪軍功橋於一月間因沙雕活動，湧入大量人潮，因此河川污染指數才偏高。