大陸國台辦主任王毅日前強調，將繼續支援平潭綜合實驗區在兩岸交流合作中發揮先行先試作用；而陸委會說，平潭區有強烈「一國兩制」政治意含，大陸官方過度衍伸「共同規畫」，不代表台灣政府的整體政策。
不過，海基會副董事長高孔廉昨率團考察平潭經濟特區，遭民進黨立委陳亭妃痛批，海基會不顧行政院及陸委會政策宣示，「難道海基會是歸中國大陸管嗎？」要求高孔廉立即返台。
推動而率領「關懷福建台商訪問團」的高孔廉，昨天下午在考察平潭後表示，他對於大陸推動平潭綜合實驗區的印象深刻，但目前硬體建設和基礎設施都還不足，更重要的是，兩岸經貿交流合作應多一點經濟、少一點政治，多從市場面去考量。
高孔廉透過海基會新聞稿指出，大陸應多了解台商的需求，包括投資權益的保障、糾紛的處理等，這些都應積極解決，而在稅務方面，其實可以不等兩岸經濟合作協議（ＥＣＦＡ）後續協商，在平潭就可以立即提供台商免稅優惠。
國民黨立委丁守中昨於立院質詢時，也詢問行政院對平潭案態度。對此，陳冲表示，目前平潭約卅九萬人口、土地面積三七○平方公里，基本建設不足，推平潭綜合實驗區，讓人感覺對岸有經濟以外的目的。
他說，平潭案是兩岸共同治理概念，會給人「一國兩制」感覺，甚至有「地方對地方」爭議；若在ＥＣＦＡ架構下談，才是比較正常的平台管道，也才能進一步了解對岸誠意與現在準備的基本設施是否完備。