低病原性毒株通常只含一個鹼性胺基酸，彰化蛋雞場實驗室檢驗報告出現四個鹼性胺基酸，且雞隻靜脈內注射致病性指數測定結果大於一．二。但由於死亡率低於正常值的○．○五％到○．○七五％，防檢局因此以低病原禽流感通報ＯＩＥ（世界動物衛生組織）。
防檢局科長楊文淵解釋，專家會議進行案例判定討論時，其實有兩派意見，一是只要依據實驗室檢測判斷即可，另有專家認為，典型高病原病毒應有高死亡、高傳染症狀，而ＯＩＥ的診斷及疫苗手冊規範也提出，典型高病原性病毒診斷必須依據臨床症狀、實驗室檢測去做判定，並就實驗室檢測結果指出幾個例外可能，例如有些病毒雖擁有五個、七個鹼基對（亦即一般高病原性病毒特徵），卻非高病原性病毒。
專業檢驗有一定程序 無需農委會裁量
農委會副主委王政騰強調，病原性判斷具有高度科學專業性，即便不是一致意見，專家小組最後終須做結論，不是農委會行政裁量。
但賴秀穗指出，國際上都是用病毒致病指數與基因序列來做判斷，農委會卻用臨床症狀、死亡率等指標向ＯＩＥ呈報，根本是粉飾太平。
前任農委會主委李金龍也持保留態度。李金龍是農委會的第一任防檢局局長，在二○○四年初我國發生禽流感H5N2疫情時，也剛好擔任防疫指揮官工作；當他聽到農委會因為病毒高、低病原性判斷發生爭議，遭質疑隱匿疫情時，他說：「當時根本沒有這個困擾，因為專業檢驗有一定程序，檢驗結果國際都有認定標準。」