楊志良在擔任衛生署長時，開放美牛進口，不過他說，瘦肉精的爭議比美牛進口的問題複雜，當時美牛進口的問題焦點在於嚴防狂牛症，因為醫界已經相當清楚狂牛症的感染途徑，在處理美牛輸入時，就顯得簡單許多。
但美牛瘦肉精的問題在於專家見解迥異，一派專家認為風險很低，另一派的專家則要政府保證絕對安全，彼此沒交集。
楊志良昨日上午出席「第三波健保改革—醫療資源分配正義機制之建立研討會」，被問及美牛問題時，他刻意保持低調，不過，在媒體追問下，楊志良還是直言，馬英九總統及美國在台協會理事主席薄瑞光都做錯了。
楊志良認為，有些問題需要先私下討論，而不是馬總統接見薄瑞光之後，馬上就突然拋出這個議題，好像美國在交代台灣總統要做什麼事情，再者，美牛與軍售及美簽也不應掛勾在一起，台灣人民會覺得很不舒服。
楊志良並批評薄瑞光不懂外交，對台灣造成困擾。因為台灣人民又不一定非要吃美牛不可，還有其他豬、牛、羊可以吃，台灣人反美牛是天經地義的事。美方比較正確做法，應該要先請美方廠商來台灣辦研討會，充分與台灣民眾溝通，並提出相關屠宰及檢驗證明，對瘦肉精問題說明及表達。
瘦肉精這個議題，從醫學專業的立場來分析，有一批人要求拿出證據，證明吃進含有瘦肉精的肉品，不會危及人體健康，就同意解禁瘦肉精；但另一方則是認為美國幾億人口長期吃牛肉，也沒有發現問題個案，也要求反方陣營拿出證據。
楊志良強調，如果連專業都無法解決這個問題，當然就成為更複雜的政治議題，政府應該謹慎處理。