民進黨團為確保來自台東的劉櫂豪能留在交通委員會，在邱議瑩主動退讓下，與台聯換得一席交委會席次。原抽到財政委員會的無盟立委高金素梅，則與國民黨達成協議，換至內政委員會，高金與內政部長李鴻源這對舊情人未來可能經常在質詢台上相見。
過去國民黨團大、小黨鞭固定參加司法及法制委員會，這次遊戲規則卻被打破，不但許多不分區立委名列免協調抽籤的保障名單中，連黨團書記長徐耀昌也堅持留在熱門的經濟委員會，並因積分較高列在保障名單中。
此外，當初未向黨團回傳意願登記的立委翁重鈞，被自動排在財政委員會保障名單，黨團幕僚私下也無法理解；而在經濟委員會協調不成後，十位抽籤立委之一的林滄敏，雖未抽中，卻仍被排入，引發藍委質疑。
在協調經濟委員會時，就有藍委質疑黨團幹部，也有人私下批評，書記長「球員兼裁判」；還有代表老闆抽籤的立委辦公室主任說，如果早知道徐耀昌堅持在經濟委員會，當初書記長選舉就不投票給徐。
面對各方質疑，徐耀昌回應，許多指控都是莫須有，黨團沒有所謂的「慣例」，這次協調作業完全透明化，沒有問題。