市長賴清德、秘書長陳美伶則說明強調，市府依法規命令提送法案，都需受議會監督，該案屬「給付行政」，在法制面有行政權，可以不用自治條例，但牽涉人民權利，行政權發佈後還是要送議會備查。
包括李坤煌、郭國文、賴惠員、林美燕等多位朝野議員認為，市府不以自治條例，改採自治規則，只讓議會備查，顯然不尊重議會，辦法太籠統害到區公所，也把責任推給議員；陳文科、杜素吟認為，市議會准予備查後再審自治條例很奇怪。
邱莉莉痛批市府，縣市合併至今，仍有很多法規沒有整併，一市兩制，都是議員提出來才修，市府是人治、還是法制，還搞不定，這是什麼大台南精神？
郭信良認為，基於對議會尊重，市府不該以法規報告案送議會備查，他也以同樣送會備查的工務局公共工程處組織規程條文有錯為例，法案若經議會審議比較完備。
環保局長張皇珍解釋，過去南縣對焚化廠回饋金有相關自治條例，南市並沒有，初步整合先以「辦法」訂定，較具彈性且能夠靈活修正，議員若有意見，可先准備查，下會期再送自治條例審查。
不過，市府強調法規「合法」，主席賴美惠裁示准備查，可是回饋金案要再提送自治條例。