美牛到底開不開放，瘦肉精成了討論焦點，民間團體率先反彈，就怕一旦美牛進來，不但國內畜牧產業受衝擊，國人健康也一起賠上。養豬協會副理事長林秋桂：「開放有瘦肉精的美國牛肉進口的話，表示說瘦肉精在台灣，就不是禁藥了哦，業者大家都可以加了哦，你可以進來的東西，你怎麼可能叫業者不要用？這根本就是騙人的，這是騙人的啦！」外傳政府研擬方案之一，就是比照香菸模式，在美牛肉品上標示瘦肉精殘留量，讓消費者自己決定是不是要購買，雖然還沒定案，不過也立刻被綠營立委打了一槍。民進黨立委吳秉叡：「除非決策改變，否則不可以說什麼，貼一個警語說有瘦肉精，你就可以來進口。」
外交部北美司專員陳俊銘：「美牛問題是台美經貿問題裡面很，小的一部分，要處理這個問題，首先要考量的，就是國人的健康。」儘管官方代表一再強調，國人健康擺在第一位，不過美牛議題和台美TIFA能否重啟談判掛勾，早就已經不是單純的健康議題，而是充滿濃濃的政治味。