媒體報導指出，調查局不滿廉政署將查無貪污證據的違反政府採購法案，輾轉透過地檢署發交調查局收尾，批評廉政署「只挑大案辦」，小案卻丟給調查局，函請法務部開會主持公道。
法務部政務次長吳陳鐶今天召開協調會，邀請法務部檢察司、最高法院檢察署、台灣高檢署、廉政署和調查局，開會討論未來類似違反政府採購法案等，有可能涉及貪污事證，廉政署、調查局業務職掌該如何分工。
法務部會後發布新聞稿表示，依照刑事訴訟法規定，檢察官是偵查主體，具有指揮司法警察調度的權力，將由檢察官就個案情節審酌判斷，認為有貪污事證的案件，交由廉政署；無貪污犯罪，則交由調查機關。
相關人士指出，依照廉政署組織法規定，廉政署偵辦貪瀆或相關犯罪，沒有其他案件的司法調查權，但某些違反政府採購法案查無貪污事證，只能交由地檢署發交調查局，被批評只辦大案，大感冤枉。
其實廉政署成立之初，曾被批評業務職掌與調查局「疊床架屋」，日前也傳出廉政署與調查局偵辦基隆海關貪污案時，調查局不滿廉政署搶功勞，發布新聞稿強調案件是政風體系舉發，爆發爭議。