河川環境與民生品質息息相關，環保署為促進河川復育及再生，從民國97年起，推動「河川及海洋水質維護改善計畫」。
環保署水質保護處今天表示，改善河川水質，朝「都會型河川整治」、「推動現地處理設施」、「流域整合管理評鑑」和「民間參與河川巡守」方向執行，目前已完成新北市中港大排與湳仔溝、屏東縣萬年溪、高雄市鳳山溪、台中市柳川5條都會型河川的階段性整治，每天約共截汙處理34萬4800公噸廢水。
此外，水保處也指出，99年到100年間，台灣有11條主、次要河川水質汙染漸趨嚴重，原因與年平均降雨量減少有關（近兩年年均雨量都較20年內平均雨量減少12至40毫米），其中高雄阿公店溪長29.7多公里，汙染長度卻達8.5公里，是近年全台流域汙染最嚴重的。
水保處說明，阿公店溪水質惡化項目是生化需氧量及氨氮，工業是主汙染源。其他惡化較嚴重流域還有北港溪、急水溪、南崁溪和中港溪，汙染源多是畜牧及家庭生活廢水。