馬總統表示，吳敦義上任之初，國家面臨三大挑戰，包括H1N1新型流感疫情威脅、八八水災重建工作以及全球金融海嘯；行政團隊在吳敦義穩健踏實帶領下，在新流感防疫、災後重建及經濟復甦三大任務方面，都交出具體成績單。
總統指出，在新流感防疫方面，疫情爆發後，政府從世界衛生組織獲得病毒株，再製造疫苗，使得18歲以下少年與兒童接種率達75%，全齡接種率達25%，普及率世界排名第5位，與美國同級；這是相當不容易做到的成果，也是吳敦義與行政團隊實績的具體展現。
在八八水災重建工作方面，經過政府與民間公益團體合作，完成災區重建工程，絕大多數有需要的災民都進住寬敞、堅固、明亮的永久屋，行政團隊也兌現總統「任期內重建小林村」的承諾。
總統認為，這樣的成果讓全世界看到另外一項「台灣經驗」，且此經驗仍在發酵中，不但是成功的官民合作典範，政府協助海地震災的災後重建，也採取這個模式，美國前總統柯林頓訪台時也肯定這項措施。
在經濟復甦方面，總統強調，行政團隊推動各項重要財經政策，台灣景氣自98年第四季即走出谷底，99年全年更創下經濟成長10.72%的成績，創24年來新高；通貨膨脹維持在1.5%以下，失業率由98年8月的最高峰6.13%逐步降低，至去年12月的4.18%，100年全年平均失業率也續降至4.39%。
總統認為，行政團隊的努力，具體反映在台灣各項經濟指標上。
此外，在貧富差距、分配正義的問題上，政府也交出成績，家戶所得五等分位差距倍數從6.34倍降至6.19倍；總統表示，這樣的數字雖已比其他先進國家要來得好，在東亞也是最低的國家之一，但絕不會以此自滿，還要更加努力，持續降低貧富差距。
此外，總統表示，舉凡社會救助法大幅修正、貧窮線上修，增加近60萬人受惠；迅速處理塑化劑風暴、通過居住正義五法案、開徵奢侈稅等等措施，也都看得見行政團隊努力成績。
總統對吳敦義及行政團隊過去2年多來的付出表示全心全意誠摯感謝，也期許未來吳敦義在新的崗位上，持續為國家及人民服務奉獻。
吳敦義率內閣總辭，總統決定任命現任行政院副院長陳沖為新任行政院長，已獲陳沖首肯，全力以赴。