自從2002年12月黑琵在台南七股發生集體感染肉毒桿菌死亡事件後，台南保育團體開始對黑琵展開普查，監控黑琵生態，中華民國野鳥學會每年1月也會配合香港觀鳥會發起的全球黑琵普查，調查全台黑琵數量。
台江國家公園管理處成立後，有意整合台南保育團體，台南黑琵普查數據則交由管理處彙整發布，保育團體單打獨鬥的現象逐步消失。
管理處2011年11月首度結合中華鳥會，普查全台黑琵，這項舉止彰顯出管理處的企圖心，10多年來，全台黑琵普查數據僅止於全球黑琵普查期間，台灣尚未有完整組織網監控全台黑琵。
管理處說，將透過和中華鳥會的合作，和全台各縣市鳥會、志工搭上線，共同關注國際保育鳥類黑面琵鷺，希望未來能做到1個月發布1次全台黑琵普查數據的目標。
管理處表示，全台黑琵定期普查的計畫，就是要導入政府的力量，讓全球保育界看到台灣政府對保育工作的用心及努力。