北檢指揮台北市調處針對浮報眷補費及公關費調查，廉政署則追查交際費部分。辦案人員懷疑，秦日新自九十五年起申領眷補費，但其配偶九十六年二月起未隨行，秦疑溢領外交部逐月核撥的眷補費六十二萬三千七百元。
此外，根據外交部調查報告，秦日新疑似不實申領交際費，部分費用流向與前日本駐斐濟女秘書黑川愛子單獨用餐。秦購買四條珍珠項鍊、四支萬寶龍鋼筆用來送給斐濟政要，有一條珍珠項鍊人間蒸發，有立委爆料這條項鍊送給黑川愛子。
秦日新應訊時否認指控，堅稱從事外交工作以來都很清白。他表示根本沒填眷補費用調查表，遑論溢領眷補費；而交際費和公關費都是用來宴請台商及送禮，完全是公務使用。不過，檢方已將他限制出境。
為釐清秦日新辯稱的公務餽贈是否為真，知情人士透露，檢察官在本月三、四、五日，率領台北市調處張姓調查官、廉政官及書記官從台灣出發到香港，再轉機飛往斐濟境內轉機至目的地，連轉三班飛機抵達代表處。據悉，艱辛的轉機加上等待航班過程，共花費三十多小時才抵達。
檢調為避免撲空，在台灣就確認證人身分，透過外交部請斐濟代表通知台商等證人到庭，可惜黑川愛子已返日，無法作證。
檢方馬不停蹄的對包括台商在內的十多名證人製作筆錄。至於究竟傳過多少人，襄閱主任檢察官黃謀信不願回答，只說「偵查案情涉及治外法權，不予置評」。
至於在境外筆錄是否有證據能力，檢方已事先研究過。根據最高法院判例，板橋地檢署檢察官曾帶著書記官，赴澳門追查一起擄人勒贖案，並在酒店以證人身分就訊電玩大亨林鍾義，法院採認筆錄有證據能力。檢方確認，在代表處製作證人筆錄在法律上是有證據能力的。