南方民間智庫的濫觴是在2009年4月3日，當時廣東省委書記江洋與南方都市報等12位民間人士討論珠三角發展時明確提出，要讓民間智庫提升廣東的軟實力。
南方民間智庫官方網站介紹，智庫在2009年11月1日首屆「潮湧珠江－廣東網民論壇」上正式宣告成立，首批15位成員入選，隨後在2011年2月27日成立專家委員會，成為智庫的學術指導機構，決策重大事項。
人民日報指出，南方民間智庫成員包括知名網友、專家學者、政府及事業單位研究人員、自由職業者等，還包括上千名活躍的參與者。
南方報業傳媒集團總編輯張東明表示，智庫的任務是用理性的思想觀察、分析公共事務，對經濟和重大社會現象進行專業化的權威解讀，對未來走勢進行科學的預測，直至提出符合實際、切實可行的政策建議，「從而當好廣東解放思想，推動科學發展，建設和諧社會的參謀。」