這次合併總統與立委的大選一開始，藍軍方面的「指揮中樞」，就以馬吳競選總部為核心，黨中央與基層黨務系統，以及相關藍軍系統，都依馬吳總部的選戰步調執行，選戰的大小資源分配，也以馬吳總部馬首是瞻。
黨務人士指出，藍軍這次選戰的指揮權責，相當程度呈現「一元化」與「集中化」，包括資源分配與策略擬定，都只有少數決策階層參與，其餘都屬執行與配合的層級。
藍軍這次的輔選組織與規模，檯面上相當多元，包括榮譽黨主席連戰為首的「榮譽主任委員團」、榮譽黨主席吳伯雄為首的「後援總會」、立法院長王金平為首的「全國民意代表後援會」等。藍營大老們在馬吳總部的安排下，雖曾對「資源分配」有意見，但也都積極投入輔選。
馬陣營早就把周美青視為選前最重要的催票利器！藍營人士評估，周美青的形象正面，幾乎無負面評價，行事作風深獲各方肯定，投入輔選必能產生拉抬與催票效應；但考量王牌最大效果，決定留待選前再發揮，並早在月前就透過文宣操作鋪陳周美青的輔選能量，選前兩週正式投入輔選時，果然吸引媒體目光與關注。
藍營人士指出，周美青的風格獨特，喜歡與民眾接觸，卻不喜歡媒體，幕僚安排輔選活動，時常左右為難，也認為這應該就是周美青魅力不減的原因。
藍營人士評估，周美青就算低調輔選，依然是媒體追逐焦點，對於藍軍在婦女、青年、中間選票的開拓，有相當的鞏固與拓展效應。