行政院同意宇昌案解密，民進黨主席蔡英文11日批評，宇昌案是執政者動用國家機器進行政治清算，是「處於頹勢的競爭者，就像溺水的人，會拿出所有不正當的手段來選舉」。
對此，行政院長吳敦義12日表示，行政院是依照立法院的決議將宇昌案解密，假如宇昌案沒有不可告人之處，為何不可攤在陽光下？吳敦義：『(原音)不過就是一個投資案，這個投資案假如沒有無不可告人的？他為什麼要用極機密？只是不要有黑箱，我們是一個透明的政府，對所有的國人要光明正大，把所有可能的黑箱全部都打開，這樣攤在陽光下。』
吳敦義質疑，蔡英文是不是希望政府永遠有一個黑箱「鎖住不可告人的祕密」？他並反批蔡英文的說法是「不倫」比喻，與事實顛倒，蔡英文自己才是快溺水的人。吳敦義：『(原音)蔡主席怕什麼？他害怕什麼？然後他又舉了不好的比喻，應該說是不是他自己快溺水了，覺得不應該把黑箱打開，要讓黑箱鎖在永遠不為人知的祕密當中，除非他是這樣，不然他在怕什麼？』
吳敦義說，對於宇昌案該不該公開，蔡英文應該要說清楚、講明白，假使反對公開，也應該說出道理來。他強調，將宇昌案的機密註銷，是同意立法院看法，認為它沒有作為極機密案件的必要，所以應該讓事實攤在陽光下，避免政府黑箱、落人口實。