大選在即，包括農委會、教育部、文建會卻接連出狀況，使得國民黨內部出現要求「內閣改組」的聲音。吳敦義日前接受壹電視專訪時證實，確實有人向他提出內閣改組的建議。至於內閣是否調整，吳敦義則沒有把話講死，只表示12月中旬他就要請假投入選戰，而且內閣首長推動政務都有進展，成果不容輕易抹煞。
對於內閣改組的傳聞，遭到點名的教育部長吳清基17日在立法院教育及文化委員會受訪時表示沒有聽說。他並指出，教育部從未行文各校禁止「師生戀」，只是針對性騷擾、性侵害等相關條文提醒各校老師注意，沒想到「師生戀」爭議卻延燒這麼久，他希望媒體報導要公正、客觀。吳清基說：『(原音)若我有公文談到「師生戀」，我馬上說我有，但確實是沒有。但是我講了很多次，在新聞局也講，在國會殿堂也澄清，卻沒有人幫我澄清說教育部沒有這個師生戀。』
另外，對於馬總統認為教育部宣導不足，連許多老師都不清楚5歲幼兒免學費政策的細節。吳清基則回應，教育部都有宣導，只是部分家長因沒有5歲以下幼兒，所以不太清楚對公私立學校的補助金額，這方面教育部會再加強。