馬政府的兩岸事務，交由亞太和平研究基金會；遠景基金會過往小規模的海外交流，將擴大至國際外交領域；對內重要的經濟議題，諮詢目標首推中華經濟研究院。馬英九已經開始積極部署，將信任的學者各處安插，甚或收編新的馬系人馬。