反課綱高校聯盟成員林冠華30日燒炭自殺，引發數百名反課綱學生再度聚集教育部抗議，於今(31)日凌晨1時翻越教育部圍牆、拉倒拒馬，要求教育部長吳思華道歉下台，並撤回課綱。警方動員上百名警力戒備，一路與學生對峙到天亮。對此，台北市長柯文哲31日表示，他呼籲吳思華馬上出來與學生正面談話，「要當打手也要勇敢一點」，用躲避方式，學生不會散掉。
台北市長柯文哲31日表示，對於林冠華自殺一事感到震驚，但反對用這麼激烈的方式表達訴求。他透露，昨晚看到教育部陳情的學生，讓他一整晚睡不好，他很了解，源頭不解決，問題還是沒有辦法解決。政府不出來面對，學生也散不掉，警察還要在大熱天當人肉盾牌，對他來說，兩邊怎麼做都很為難。因此「面對問題是解決問題的第一步」，他呼籲吳思華馬上出來與學生正面談話，教育部總要提出一個解決方案，「要當打手也要勇敢一點，不可以這樣」，用躲避方式，學生不會散掉。
對於課綱問題，柯文哲表示，這不僅是一個意識形態，也是程序正義的問題，一個被法院判決不合法的政策，教育部硬要強推，基本上是不對的。他認為應採取降低衝突的方式，讓各所學校去選擇自己的教科書。