全國17個農田水利會，依照「農田水利會組織通則」條文，並不是營利事業單位，勞動部與農委會卻認為水利會適用勞基法，並於104年1月1日公告，要在105年7月1日起執行，引起全國水利會巨大反彈並向立委陳亭妃陳情。
為了顧及全國17個農田水利會廣大員工們的權益，陳亭妃委員3/3特別邀集勞動部次長陳益民與農委會副主委陳文德、農田水利處張敬昌處長與全國水利會代表在嘉南農田水利會大禮堂召開公聽會，讓政府和水利會員工代表們一起面對面溝通、協商出一個可行性方案。
陳亭妃委員擬具3方共識做出2項結論，並要求農委會和勞動部立即做好跨部會的橫向溝通，即根據農田水利會組織通則，水利會屬於公法人，水利會職員考試是由農委會委託聯合會統一招考、待遇比照公務員，而須執行政府所賦予的任務，如今勞動部卻在今年元旦公告其適用勞基法，這項倉促而定的政策恐嚴重影響水利會員工權益。
陳亭妃委員要求農委會立即會同勞動部和全國農年水利會研商確認農田水利會到底是公務機關？還是勞動機關？或是可以並存？在尚確認之前，勞動部應立即停止執行104年1月1日的公告。
嘉南農田水利會長楊明風認為，勞動部此公告，造成17個水利會員工惶恐，顯示相關配套不夠周延，新政策應比現行制度好才是上策。