1996年7月14日，日本青年社登上釣魚台「北小島」裝設一座太陽能燈塔，兩岸三地掀起一波新的保釣運動。9月4日，李登輝接見日本眾議員時明確表示釣魚台列嶼是中華民國固有領土；9月6日，外交部發表聲明，重申釣魚台列嶼是中華民國固有領土；9月12日，李登輝接見日本自民黨青年局局長等人，表示中華民國政府的立場已由外交部充分表達。
同年9月12日，當時的新聞局長蘇起宣示中華民國政府對釣魚台主權爭議的4項原則，並表示政府已成立跨部會的「釣魚台案工作小組」以獲取共識，這4項原則的第1點就是堅持主張中華民國擁有釣魚台列嶼主權。
民進黨於2000年執政後，也數次重申釣魚台主權立場，前外交部長簡又新在2002年的立法院施政報告中就指出，政府堅持主張對釣魚台列嶼的主權；外交部在2006年發出的新聞稿，則重申了「釣魚台案工作小組」4項原則。