準台北市長柯文哲將於25日就職，但是局處長遴選爭議不斷，不只傳出「黑箱」、「違背專業」，外界更質疑小內閣許多是競選總幹事姚立明熟識的人，16位市政顧問、遴選委員以辭職表達不滿。
辭職的柯文哲遴選委員包括:勞動局長遴選委員吳世哲、林錫維，其中吳世哲身兼遴選委員，還跳下來選勞動局長，被質疑是「球員兼裁判」，因而辭職。
辭職的文化局遴選委員包括:鴻鴻(閻鴻亞)、蘇昭英、謝東寧、姚瑞中、馮賢賢、胡永芬。他們不滿倪重華接任文化局長，除了質疑倪是大左派之外，更質疑遴選過程「黑箱」，人選根本是內定。
辭職的社會局遴選委員包括:白秀雄、吳玉琴、勝西華、葉大華、王榮璋、林萬億。柯文哲在台大醫院的同事、創傷醫學部醫師許立民出任社會局長，引發遴選委員質疑當初承諾社會局長必須具備社福背景的承諾，認為柯文哲根本是「毀約」、「對市民失信」，因而憤而辭職。
環保局遴選委員兼市政顧問詹順貴不滿劉銘龍空降接任環保局長，因而請辭。詹順貴表示，劉銘龍不在遴選委員推薦名單中，柯文哲私下找劉銘龍接任，又自行取消i-Voting，他認為對遴選委員不尊重，憤而辭職。
資訊局遴選委員柳林瑋請辭。前逢甲大學資訊長李維斌出任柯市府資訊局長，沃草創辦人、前台大醫師柳林瑋表示，李維斌絕對是近年資訊局長中「學經歷最優秀的一位」，他自認任務達成，因而請辭遴選委員。
原住民市顧問汪明輝、歐蜜、偉浪、伍杜、高振蕙、蕭世暉、金惠雯等人不滿未獲實質詢問，所提建議也未獲回柯文哲回應，因而考慮請辭。
對於小內閣人選爭議不斷，柯文哲20日上午一派輕鬆地表示，上任後會多溝通。