H7N9流感中央流行疫情指揮中心已奉行政院同意停止運作，在流感高峰期及H7N9指揮中心成立期間，「高燒持續48小時」及「類流感患者/家人/同事/同班同學有類流感發病者」，皆可獲得公費抗病毒藥物治療；疾管署表示，此項措施將適用至4月30日截止，不再延長。
依據世界衛生組織及衛福部傳染病諮詢會建議，凡符合「流感併發症」通報病例，孕婦經評估需及時用藥，或是伴隨危險徵兆的類流感患者，以及重大傷病、免疫不全或具心肺血管疾病、肝、腎及糖尿病等類流感患者，或過度肥胖的類流感患者(BMI>=35)，重症個案及感染後易產生併發症高危險群等，仍可使用政府提供的公費流感抗病毒藥劑。
另外，經傳染病防治醫療網正/副指揮官認可的類流感群聚事件，以及符合H5N1流感病例，H5N1流感「疑似病例」、「極可能病例」或「確定病例」密切接觸者，以及「H7N9流感」通報病例，H7N9流感確定病例密切接觸者，也是公費流感抗病毒藥適用者。
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