本次空難，機上人員計有旅客54名及機組員4名，共計58名，其中10名受傷送醫（6名送往三總澎湖分院、4名送往部立澎湖醫院），48名罹難，罹難人員中有15名身分已確認，其餘身份尚待確認，另有5名居民受傷。受傷旅客中有8名將後送回臺灣醫治，行政院已請國防部調派C130軍機，將於7月24日載運回臺。
另內政部透過民政司、戶政司及航空警察局比對機上旅客資料，並請澎湖縣警察局協助，已聯繫通知所有旅客家屬，復興航空公司將繼續處理後續家屬服務事宜。
對於不幸罹難人員，刑事警察局及法務部已於7月24日上午調派鑑識人員、檢察官、書記官及法醫趕往馬公支援遺體相驗作業，另交通部亦已協調調度冷凍貨櫃運往馬公，以妥善保存罹難者遺體。
本次空難發生原因，將由飛航安全委員會進行調查。