海洋研究船「海?5號」是在民國103年10月10晚間，碰上「黃蜂」颱風，在澎湖龍門東方海域「外淺石」觸礁沈沒，當時船上載有中研院與海洋中心等45人，經漏夜搶救，中央研究院領隊許世傑博士及海洋中心海洋調查人員林怡君2人不幸死亡，其餘均獲救。
澎湖地檢署前檢察官林濬程相驗後，認定死者因溺水窒息致死。再指派潛水人員潛入已沈沒「海研5號」內打撈航程記錄器（VDR），並會同各機關拆封與下載電磁紀錄結果，取得碰撞地點座標並還原事故發生前後駕駛艙內完整對話。
澎湖地檢署主任檢察官劉俊良表示，全案由檢察官彭師佑到任接手偵辦，多次偵訊船長黃余發、大副林家威和二副、三副、探測長、水手與研究團隊資訊、儀器操作等人員後，認定觸礁當時是因當值大副未仔細判斷航路上障礙物，也未適時測定船位、修正航向遠離澎湖外圍海域。
船長也未注意監督大副，致使「海研5號」未能沿劃定航線返回安平，船身在水深不足情況下，觸礁沈沒。全案已於106年2月24日偵查終結，依業務過失致人於死罪提起公訴。