國防部長馮世寬已要求總督察長室會同軍醫、法律等部門編成專案小組調查，如有涉案違法人員，無論官階高低，一律依法偵辦，嚴懲不貸。空軍已主動通報台中憲兵隊進行調查及協助化驗，並對基地全體官兵實施尿液篩檢。
清泉崗基地內所有官兵包含空軍和陸軍共約3000人，目前一半的人已完成篩檢，空軍司令部今天表示，以篩檢盤初檢呈陽性反應官兵的檢體，均已依規定送往三軍總醫院進行複檢，空軍秉持「毋枉毋縱」原則，如確認涉毒事實，依法究辦。
空軍司令部表示，清泉崗基地官兵尿液檢驗目前仍持續進行，有關尿液篩檢結果及證物化驗報告均以檢驗單位正式報告為準。
空軍司令部表示，本案現已由檢察官指揮憲兵偵辦，空軍尊重司法調查權責，涉及刑事調查偵審範圍事項，將配合檢察官偵辦進度，適時向國人說明，並全力配合司法偵辦。