媒體報導指出，馬偕醫學院自成立以來就仰賴馬偕紀念醫院的盈餘挹注辦學資金，醫院透過基金會的方式每年捐助學校新台幣3億元，多年來運作順暢；去年馬偕醫院通過續捐提案，自去年起的往後10年將捐贈校方34億元，承諾去年8月捐出第一期9000多萬元，至今遲遲未撥款，使馬偕醫學院面臨財務困難，疑想和醫學院切割。
馬偕醫院董事長劉伯恩、院長施壽全傍晚發布聲明稿，澄清「絕無此事」，並強調此事應循教會體制處理，不應透過媒體放話，一切均依法執行。
聲明稿指出，關於捐贈醫學院的9000多萬元，目前因主管機關尚未核准，並非醫院不撥款，且醫院也已積極透過管道，安排拜會主責承辦長官，尋求處理。
馬偕醫院解釋，先前62億捐贈均依程序報備主管機關核准後才撥款，此次9000多萬元屬於新的捐贈一部分，按規定應經主管機關核准才撥款，此原則及過程已於8月25日總會馬偕關懷小組會議中說明，當天醫學院校長及董事長及代表均有出席。