根據103年6月18日公布修正產業創新條例第10條規定，最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大公司，得在投資於研究發展支出金額百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅。
不過因日月光先前排汙後勁溪引發外界嘩然，因此日月光在今年5月提出102年度研發投抵申請後，經濟部考量外界觀感，面對此事也顯得小心翼翼。
經濟部強調，考量日月光排放廢水案法院已在20日作出一審判決，為求慎重，已決定暫停該案審議程序，將請環保署根據相關事實認定日月光是否屬修正後產業創新條例第10條所稱違反相關環保法律且情節重大公司，再據以決定是否駁回日月光102年度研發投抵申請案後續程序。